網膜色素変性症は基本的に遺伝子の異常（変異・傷）が直接的な原因となって発症する遺伝性疾患です。
主な仕組みと特徴は以下の通りです。
1. 遺伝子の異常が病気を引き起こす仕組み
視細胞や網膜色素上皮の障害: 網膜で光を感じ取る細胞（桿体細胞・錐体細胞）や網膜色素上皮で働く遺伝子に変異が生じることで細胞障害が起こります。
多様な遺伝子変異: これまでに80種類以上の原因遺伝子と、数千種類に及ぶ遺伝子変異が報告されています。
タンパク質の機能異常: 遺伝子はタンパク質の設計図であるため、遺伝子に異常があると、ロドプシンなどの重要なタンパク質が正常に作られなくなったり破壊されたりして、視細胞の障害・死滅へとつながります。
2. 家族に同じ病気の人がいなくても「遺伝子の異常」である理由
親や血縁者に患者がいない「散発例（孤発例）」も全体の約3〜5割を占めますが、これも「遺伝子の異常ではない」という意味ではありません。
両親が無症状の保因者であるケース（常染色体劣性遺伝）や、突然変異によって本人の遺伝子に新たな異常が生じたケースなどが含まれます。
3. 非遺伝性の類似病態（例外的なケース）
網膜色素変性症の大部分は遺伝子の異常によるものですが、感染症、外傷、炎症（ぶどう膜炎など）、薬剤の影響によって、網膜色素変性症とよく似た病態（pseudoretinitis pigmentosa / 後天性網膜色素変性）が生じることもあります。
